現在使用的雜交水稻種子與過去使用的常艦永稻種子有差異。過去使用的常規水稻種子穎殼厚、籽粒重、吸水慢，因此，在浸種催芽中采取高溫破胸、中溫催芽、低溫煉芽的浸種催芽技術，而現在使用的雜交水稻的種子具有穎殼薄、籽粒輕、易吸水、喜中溫的發芽特點，在浸種催芽中，應實行“三浸三濾”催芽技術，可催齊壯芽。雜交稻催芽前應采取將種子淘洗干凈、少浸多濾、日浸夜濾的原則。在浸種催芽時常出現的問題有：
　　1、種子表面發霉、黑色、籽粒邊緣白色。這是在浸種催芽時遇到高溫、缺少水分造成的。因此，在浸種催芽時，要隨時跟蹤檢查，發現種子溫度燙手，就應及時補充水分。
　　2、種子在催芽時，有的種子已露白，有的種子沒有露白，后來種子整體不動了，保持原狀。這是在浸種催芽時水分使用過多，種子被水養到了，達不到種子萌發生長的條件，還容易造成爛種。遇到這種情況，應及時減少水分供給，使其脫水，這樣稻種才能正常出芽生長。
　　3、雜交稻種子在制種過程中，常碰到陰雨連綿的天氣，特別是在種子收獲前，碰到長期陰雨天氣，種子會出現穗萌現象（種子在穗上已萌發）。對出現這種現象的種子，在浸種催芽時應采取浸前搶晴天曬1～2天太陽。浸種時應淘洗干凈、少浸多濾、日浸夜濾，如發現種子變黑及有乙醇酒味，則應多清洗多瀝濾。
　　4、種子播種后，發現廂面種子有霉爛，這是綿腐病危害造成的。可用滅菌威噴灑防治。